A protonpumpagátló (PPI) hatóanyagok hosszú távú alkalmazása nem csak a bakteriális, de a vírusos gasztrointesztinális infekciók gyakoriságát is emeli.

A refluxbetegek mintegy 70 százalékánál a 4–8 hetes protonpumpagátló-kezelés eredményre vezet. A fennmaradó 30 százaléknál további terápiás megfontolásokra van szükség.

A gyomorsav szekréciójának visszafogása a bélflóra összetételének befolyásolásán keresztül növelheti a májbetegségek kialakulásának esélyét.

A gyomorsavtermelés csökkentése és a gyomorégés megszüntetése céljából szedett protonpumpagátló szerek növelhetik az iszkémiás stroke kockázatát. Az American Heart Association tudományos ülésén ismertetett kutatás kérdéseket vet fel a gyógyszercsoport kardiovaszkuláris biztonságosságával kapcsolatban.

A savkötő gyógyszereket savas refluxban szenvedő betegeknél a gyomorsav semlegesítésére széles körben használják. Egy friss kutatás szerint azonban az antacidumok 2 évnél hosszabb alkalmazása B12-vitamin-hiányt idézhet elő, ennek minden idegrendszeri következményével.