A mikrobióta nemcsak önmagában, de a vele foglalkozó kutatásban is hihetetlen széles diverzitást mutat számos felvetett és még több megválaszolatlan kérdéssel.

A bélflóra egyensúlyának felborulása anyagcserezavarokkal, autoimmun és idegrendszeri kórképekkel hozható kapcsolatba, amik a bélflóra védelmére, az egészséges táplálkozásra irányítják a figyelmet.